医学信息工程学院成立于2001年，现开设计算机科学与技术、信息管理与信息系统、电子信息科学与技术、信息工程、医学信息工程、眼视光学等6个本科专业，目前有在校生1437名。学院设有眼视光学系和计算机网络、电子信息、计算机软件、信息管理、应用数学、高等数学等7个教研室（系）和医疗信息化、眼视光学两个研究所，专任教师96人，95%以上具有博士、硕士学位，外聘企业兼职教师20余人，是一支职称结构、年龄结构和学缘结构均较为合理的朝气蓬勃的教师队伍。学院设有眼视光学、计算机网络、计算机软件、计算机组成原理、单片机原理与应用、DSP、ARM、通信原理等12个专业实验室，实验室面积4600多平方米，拥有各类教学设备2000余台，在北京、上海、济南、青岛等地建有电子、信息类实践教学基地40余所，教学医院14所，工业和信息化部授牌“国家信息技术紧缺人才培训工程——远程教育中心”，与企业联合共建了软件技术研发中心、大学生创新创业基地、工程中心、国家物联网实验室，并与世界知名IT企业——慧与-济宁国际软件人才及产业基地联合培养软件开发和软件测试方向的人才，具备良好的专业培养条件。计算机应用技术为校级重点学科，计算机科学与技术、医学信息工程两个本科专业为校级特色专业。

医学信息工程学院以培养复合型、应用型高级技术人才为目标，注重学生的应用能力、创新创业能力和适应能力的培养，强调办学特色，在医学信息应用领域成绩突出。随着教学改革的深化，培养方案的优化，教育教学质量的提高，近年来形成了嵌入式应用系统开发、JAVA技术开发、医学图像处理、网路安全与维护、医药应用软件设计、物联网医疗信息化应用、医药信息管理、.NET应用系统设计和开发等“应用型”、“医工结合”、“医管结合”的专业办学特色方向。学院不断加大对学生创新创业能力的培养力度，在资金和项目上支持学生，鼓励学生参与教师的科研课题，一起开展科研工作，学生的创新成果层出不穷，水平也在逐年提高。学院非常注重学生的创新能力的培养，近年来，学生在全国大学生机械创新设计大赛、全国软件专业人才设计与创业大赛、山东省机电产品设计大赛、山东省计算机技术技能大赛和齐鲁大学生软件设计等大赛中共计获奖100多项，其中全国一等奖1项、二等奖6项、三等奖14项，省级一等奖35项、二等奖、三等奖60多项。

良好的学习环境和高水平的教学质量，培养了一批有能力、素质高的高级应用型专门技术人才，毕业生就业情况非常好，近五年来，毕业生主要就业方向有电子信息和医学信息类的科研院所、医药卫生事业单位、医院信息科、生物医学信息企业、软件开发企业等，从事科研、开发、应用设计制造及设备管理和运维等方面工作；有28%左右的学生考取硕士研究生进一步深造，另有部分学生考取公务员，统计显示就业率97%以上且就业的单位稳定、起点较高。