核酸扩增技术检测circRNA研究进展

摘要/Abstract

摘要：

环状RNA（circular RNA，circRNA）是与疾病发生、发展密切相关的一类非编码RNA，其为共价闭合的环状结构，与线性RNA相比稳定性更好，有望成为疾病检测、诊断的新型指标。circRNA的检测，尤其是定量检测对疾病的诊断十分重要。目前，以核酸扩增为基础的检测是circRNA定量最主要的方法，因此本文总结了以核酸扩增为基础的circRNA检测方法，主要包括以PCR和等温扩增技术为基础的扩增方法，期望为circRNA检测提供理论依据。

关键词:环状RNA,聚合酶链式反应,等温扩增技术

Abstract:

Circular RNA （circRNA） discovered in recent years is a type of non-coding RNA and closely related to disease occurrence and development. Compared with linear RNA， circRNA has a more stable covalent closed circular structure， making it a novel biomarker for the detection and diagnosis of diseases. The detection of circRNA， especially quantitative detection， is essential for the diagnosis of diseases. Currently， the main method for the quantification of circRNA is based on nucleic acid amplification. In this paper， we summarize the amplification methods of circRNA detection based on nucleic acid amplification， mainly including polymerase chain reaction （PCR） and isothermal amplification， expecting to provide a theoretical basis for circRNA detection.

Key words:circRNA,polymerase chain reaction,isothermal amplification

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图/表1

检测方法	优点	缺点
实时定量逆转录聚合酶链式反应（quantitative real time polymerase chain reaction， qRT-PCR）	技术比较成熟、重复性高、检测灵敏^{［ 13 ］}。	绝对定量需要绘制标准曲线^{［ 14 ］}，增加了工作强度
微滴数字逆转录PCR（droplet digital PCR， ddPCR）	高特异性、高灵敏度，绝度定量的同时不受PCR抑制剂的影响定量不依赖标准曲线^{［ 15 ］}	操作繁琐、仪器价格较高、需要专业人员分析结果^{［ 15 ］}
连接酶-PCR	不需要逆转录、检测快速、简单^{［ 10 ］}	低通量^{［ 10 ］}
逆转录滚环扩增（reverse transcriptionrolling circle amplification， RT-RCA）	操作简单、成本低、特异性高^{［ 11 ］}	尚需验证是否适合不同分子量大小的circRNA
环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification， LAMP）	检测灵敏^{［ 16 ］}	容易出现假阳性扩增^{［ 17 ］}
网状杂交链式反应（netlike hybridization chain reaction， HCR）	不需要RNase R处理、检测方便、特异性高^{［ 18 ］}	反应比较复杂
双链特异性核酸酶依赖检测	检测灵敏、快速、易操作；可在真实样本中显示荧光^{［ 19 ］}	需要提前RNase R处理检测样本^{［ 19 ］}

检测方法	优点	缺点
实时定量逆转录聚合酶链式反应（quantitative real time polymerase chain reaction， qRT-PCR）	技术比较成熟、重复性高、检测灵敏^{［ 13 ］}。	绝对定量需要绘制标准曲线^{［ 14 ］}，增加了工作强度
微滴数字逆转录PCR（droplet digital PCR， ddPCR）	高特异性、高灵敏度，绝度定量的同时不受PCR抑制剂的影响定量不依赖标准曲线^{［ 15 ］}	操作繁琐、仪器价格较高、需要专业人员分析结果^{［ 15 ］}
连接酶-PCR	不需要逆转录、检测快速、简单^{［ 10 ］}	低通量^{［ 10 ］}
逆转录滚环扩增（reverse transcriptionrolling circle amplification， RT-RCA）	操作简单、成本低、特异性高^{［ 11 ］}	尚需验证是否适合不同分子量大小的circRNA
环介导等温扩增（loop-mediated isothermal amplification， LAMP）	检测灵敏^{［ 16 ］}	容易出现假阳性扩增^{［ 17 ］}
网状杂交链式反应（netlike hybridization chain reaction， HCR）	不需要RNase R处理、检测方便、特异性高^{［ 18 ］}	反应比较复杂
双链特异性核酸酶依赖检测	检测灵敏、快速、易操作；可在真实样本中显示荧光^{［ 19 ］}	需要提前RNase R处理检测样本^{［ 19 ］}

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